Krigsudbruddet ændrede situationen i forhold til jøderne drastisk. Det er ikke særlig kendt, at verdensjødedommen erklærede sig værende en krigsførende part i Den Anden Verdenskrig, og at der derfor var retmæssigt grundlag i henhold til internationale love at internere den jødiske befolkning som en fjendtlig magt. Den 5. december 1939 erklærede Chaim Weizmann, den øverste zionistleder, på vegne af verdens jøder krig mod Tysklando og slog fast, at "jøderne står på Storbritanniens side og vil kæmpe på demokratiernes side - - - The Jewish Agency er rede til umiddelbart at gå ind i arrangementer for at udnytte jødisk mandskab, teknisk kunnen, resurser etc. - - - " ( Jewish Chronicle, 8. september 1939)

[Jødisk krig mod Tyskland (ikke specielt nazismen) blev allerede lovet 1932 og proklameret i verdenspressen, f-eks Daily Express 24/3 1833 efterfulgt af handelsmæssig og finnanciel boycott. Læs også Benjamin Freedman. O. a.]

Alle jøder var således erklæret som agenter, villige til at føre krig med det tyske rige, og følgelig måtte Himmler og Heydrich efterhånden begynde interneringspolitikken. Det er værd at bemærke, at USA og Canada allerede havde interneret alle japanske udlændinge og borgere af japansk afstamning førend tyskerne foretog tilsvarende sikkerhedsforanstaltninger mod jøderne i Europa. Dertil skal yderligere bemærkes, at der ikke havde været noget bevis for illoyalitetserklæring fra japansk side som den, der var udstedt af Weizmann. Også briterne internerede under Boerkrigen befolkningens kvinder og børn, og tusinder døde. Dog kunne ingen på nogen måde anklage briterne for at ville udrydde boerne.

Interneringen af jøder i de okkuperede områder af Europa tjente fra tysk synspunkt to hovedformål. Det første var at forhindre uro og oprør. Himmler havde 11. oktober 1942 underretttet Mussolini om, at den tyske politik mod jøderne var blevet ændret under krigssituationen, helt igennem af hensyn til militær sikkerhed. Han beklagede, at tusinder jøder i okkuperede områder drev partisankrig, sabotage og spionage, hvilket bekræftes af officiel sovjetisk information givet til Raymond Arthur Davis, som gik ud på, at ikke mindre end 35.000 europæiske jøder førte partisankrig under Tito i Jugoslavien. Som følge af dette ville jøder blive transporteret til afgrænsede områder og interneringslejre både i Tyskland og særligt efter marts 1942 i generalguvernementet Polen.

Som krigen fortsatte, udvikledes den politik at anvende internerede jøder til arbejde for krigsanstrengelserne. Dette aspekt : hensynet til arbejdskraften er fundamentalt, når man betragter den påståede plan om folkemod på jøderne, for alene af logiske grunde måtte denne indebære det mest vanvittige spild af arbejdskraft, tid og energi, samtidigt med at en overlevelseskrig udkæmpedes på to fronter. Det er givet, at efter at angrebet på Rusland var begyndt, fik idéen om tvungen arbejde foretræde fremfor tyske planer om jødisk emigration.

En protokol over samtaler mellem Hitler og den ungarske regent Horthy 17. april 1943 afslører, at den tyske leder bad Horthy om at frigive 100.000 ungarske jøder til arbejde i Luftwaffes "jager-fly-program", på et tidspunkt, hvor ´luftbombardementerne af Tyskland var tiltagende' (Reitlinger, Die Endlösung, Berlin, 1956, p. 478). Dette hændte på et tidspunkt, hvor det menes, at tyskerne allerede søgte at udrydde jøderne, men Hitlers anmodning demonstrerer tydeligt, at det primære formål var at udvide arbejdsstyrken.

I overensstemmelse med dette program blev koncentrationslejrene i virkeligheden industrikomplekser. I alle lejre, hvor jøder og andre nationaliteter blev holdt indespærret blev store industrianlæg og fabrikker opført, som ydede materiale til de tyske krigsanstrengelser - f.eks Buna gummifabrikkerne i Bergen-Belsen, Buna og I.G. Farbenindustrierne i Auschwitz og det elektriske firma Siemens i Ravensbruck. i mange tilfælde blev der til betaling for arbejde udstedt specielle lejrpengesedler, der gjorde det muligt at købe ekstrarationer i lejrbutikker. Tyskerne var fast besluttet på at opnå størst mulig økonomisk udbytte af konncentrationslejrsystemet, et formål fjernt fra enhver plan om at udrydde millioner af mennesker i dem. Det var opgaven for S.S.'s økonomi og administrationskontor, hvis leder var Oswald Pohl, at se til, at koncentrationslejrene blev stærke industriproducenter.

Alligevel er det bemærkelsesværdigt, at tyskerne langt ind i krigen fortsatte med at føre jødisk emigrationspolitik. Frankrigs fald i 1940 satte den tyske regering i stand til at åbne seriøse forhandlinger med franskmændene om at overføre europæiske jøder til Madagaskar - et memorandum fra august 1942 af Luther, statssekretær i det tyske udenrigsministerium, afslører, at han ledede disse forhandlinger mellem juli og december, hvor de blev afsluttet fra fransk side. Et cirkulære 15. august 1940 fra Luthers departement viser, at detaillerne i den tyske plan var udarbejdet af Eichmann, for den er underskrevet af hans assistent Dannecker. Det var faktisk overdraget Eichmann at udarbejde en detailleret Madagaskar-plan, og Danecker var beskæftiget med undersøgelser om Madagaskar ved det franske kolonialministerium (Reitlinger : The Final Solution p. 77) Forslaget 15. august gik ud på, at en inter-europæisk bank skulle finansiere emigrationen af 4 mio. jøder i en række faser. Luthers 1942-memorandum viser, at Heydrich havde opnået Himmlers godkendelse af denne plan inden udgangen af august, og at han også havde fremsendt den til Göring. Den fik helt sikkert Hitlers godkendelse så tidligt som 17. juni. Hans tolk husker, at Hitler bemærkede til Mussolini, at "man kan grundlægge en israelsk stat på Madagaskar" (Schmidt, Hitler's interpreter, London, 1951, p. 178)

Selv om franskmændene afsluttede forhandlingerne om Madagaskar i december 1940, indrømmer direktøren for det jødiske dokumentationscenter i Paris at tyskerne alligevel forfulgte planen, og at Eichmann stadig havde travlt med den hele 1941; men efterhånden blev den, i takt med krigens udvikling, upraktisk, særligt efter invasionen i Rusland, og 10. februar 1942 blev udenrigsministeriet underrettet om at planen var lagt på hylden indtil videre.

Denne afgørelse, sendt til udenrigsministeriet af Luthers assistent Rademacher, er af stor betydning, fordi den endegyldigt demonstrerer at udtrykket "Endelig Løsning" blot betød emigration af jøderne; men også, at transport til de østlige gettoer og koncentrationslejre som Auschwitz ikke betød andet end en alternativ form for evakuering. Direktivet lyder : "Krigen mod Sovjetunionen har i mellemtiden skabt muligheden for at anvende andre territorier til den endelige løsning. Som følge af dette har der Führer besluttet, at jøderne ikke længere skal evakueres til Madagsaskar, men til Østen, så at Madagaskar ikke længere behøver at tages i betragtning i forbindelse med den endelige løsning" (Reitlinger, ibid. p. 79) Detaillerne ved denne evakuering var blevet diskuteret en måned tidligere ved "Wannseee.konferencen i Berlin. Herom mere senere.

Reitlinger og Poliakov drager begge den helt ubegrundede slutning, at fordi Madagaskarplanen var lagt på hylden, må tyskerne nødvendigvis have tænkt på "udryddelse"; men kun en måned senere, 7. marts 1942 skrev Goebbels et memorandum til fordel for Madagaskarplanen, som "endelig løsning" af det jødiske spørgsmål (Manvell & Frankl, Dr. Goebbels, London, 1960, p. 165). Indtil videre godkendte han, at jøderne blev koncentreret i Øst, ( D.v.s. generalguvernementet Polen) og lagde vægt på kompenserende arbejde der. Så snart evakuering til Øst var begyndt, blev anvendelsen af jødisk arbejdskraft en fundamental del af operationen. Det er fuldkommen klart af det foregående, at begrebet "endelig løsning" blev anvendt både om Madagaskar og Østterritorierne, og at det derfor alene betød deportation af jøderne.

Endnu så sent som maj 1944 var tyskerne parat til at tillade emigration af en mio. europæiske jøder fra Europa. En redegørelse for dette forslag er givet af Alexander Weissberg, en prominent sovjetisk, jødisk videnskabsmand, der blev deporteret under Stalins udrensninger, i bogen Die Geschichte von Joel Brand (Köln 1956). Weissberg, der tilbragte krigen i Krakov, selv om han ventede, at tyskerne ville internere ham i en koncentrationslejr, forklarer, at med personlig godkendelse af Himmler havde Eichmann sendt den jødiske leder Joel Brand fra Budapest til Istanbul med et tilbud til de allierede om at overføre en mio. europæiske jøder midt under krigen. ( Hvis de 'exterminatiolistiske' skribenter var til at tro på, måtte der næppe være en mio. jøder tilbage i maj 1944). Gestapo indrømmede, at den nødvendige transport var til stor ulempe for den tyske krigsindsats; men var parat til at tillade det i udbytte mod 10.000 lastbiler, som udelukkende skulle anvendes på Østfronten. Desværre kom der ikke noget ud af planen. Briterne besluttede, at Brand måtte være en farlig Nazist-agent og fængslede ham umidelbart i Kairo, medens pressen afviste tilbudet som et nazistisk trick. Men Winston Churchill, der oratorisk fremstillede behandlingen af de ungarske jøder som den største og mest horrible forbrydelse i hele verdenshistorien, forklarede Chaim Weizmann, at det var umuligt at acceptere Brands tilbud, eftersom det ville være at forråde hans russiske allierede.

Selv om planen faldt til jorden, illustrerer den, at tyskernes hovedformål var krigsindsatsen. Ingen, der var besluttet på at udrydde alle jøder, ville gå med til en plan for emigration af en mio. af slagsen.